Тәуелсіздік жылдарында Оңтүстік Қазақстан облысының ауыл шаруашылығы да басқа салалармен қатар қарқынды даму үстінде. Осы жылдар ішінде сала бұрынғы ұжымшар-кеңшар жүйесі негізін құраған ежелгі қатынастардан толығымен жекеменшікке өтті. Агроөнеркәсіп кешенін реформалау 1991 жылы басталған болатын және ол бұралаң жол түрінде, яғни 1992-1994 жылдары нарықтық қатынастарға көшудің ауыртпалық кезеңін өткізді.
1999 жылдан бастап ауыл өмірінде түбегейлі өзгерістер және оны қаржылық сауықтыру басталды. Әрбір ауылда жұмыс жасаушыға оның мүліктік пайы мен шартты жер үлесіне құқық беретін куәлік беру арқылы ұжымдық меншік қалыптасып, жұмыс жасаушы адам шаруашылық жүргізу түрін дербес таңдау мүмкіндігін алды.
Ауылды реформалау басталғалы бері ауыл азаматтарының көзқарасы өзгеріп, олар нарықтық экономиканың жағдайларына көндіге бастады. Өзінің ауыл шаруашылық өндірісі мәселелерін дербес шешетін нағыз жер иесі пайда болды. Өздерінің пайлары мен үлестерін алған жаңа меншік иелері дербес шаруа қожалықтарын құрып, өз қалауларымен өндірістік кооперативтерге, акционерлік қоғамдарға және түрлі серіктестіктерге бірікті.
Нәтижесінде, 1999 жылдың аяғында бұрынғы 182 ұжымшар-кеңшар және мемлекеттік шаруашылықтар базасында жекеменшікке негізделген 20,0 мыңнан астам ауыл шаруашылығы құрылымдары пайда болды. Бүгінгі күнге олардың саны 70,0 мыңнан асты. Бұл басқа өңірлерге қарағанда ең жоғары көрсеткіш.